1- با توجه به پیشینه ارتباط و هم پوشی فعالیتهای دانشکده مهندسی انرژی و پژوهشکده علوم و فناوری انرژی ، یک تفاهم نامه همکاری بین این دو نهاد آموزشی و پژوهشی دانشگاه ، با هدف استمرار همکاری ، هم افزایی و ارتقای کیفیت فعالیتهای آموزشی و پژوهشی امضا شده است .

2- دانشکده مهندسی انرژی همچنین ، با دانشکده های مهندسی برق،  مهندسی مکانیک ، مهندسی شیمی و  فیزیک همکاری نزدیک دارد .

3- دانشکده مهندسی انرژی با شرکت پتروشیمی خراسان تفاهم نامه همکاری علمی، آموزشی، پژوهشی و اجرایی دارد.

4- دانشکده مهندسی انرژی با مرکز ملی یون درمانی ایران تفاهم نامه همکاری علمی، آموزشی، پژوهشی و اجرایی دارد.

5- دانشکده مهندسی انرژی با پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای تفاهم نامه همکاری های آموزشی، پژوهشی و توسعه علم و فناوری دارد.